miaomowuhen 发表于 2010-1-5 22:11:12

请问有人使用过distruct软件吗?

这个distruct是利用structure的结果来作图的,但是我不会用,希望哪位用过的高手能帮个忙啊,谢谢啊!

wxw9559 发表于 2010-1-10 22:38:23

我只知道它的用法是这样的,但我做了几次就是做不出图片,软件也未提示出错,就只生成一个空白图片。希望一起学习……
柱形图绘制软件Distruct使用指南
当Structure软件运行完毕获得结果后,往往需要以CLUMPP或distruct软件绘制柱形图。distruct用法如下:
1、从http://rosenberglab.bioinformatics.med.umich.edu/distruct.html下载并解压缩Distruct 1.1压缩包,可以看到含7个以casia为名的文件及5个名字字首为distruct的文件,还有一个drawparams的文件和一个颜色文件夹;
2、运行casia.postscript文件,应该能产生一个含9个群体柱形图的casia.pdf文件,这表明系统及软件正常;
3、打开casia.popq和casia.indivq将其原内容清空并置换为前述Structure软件运行后所产生的_run_1_f文件的内容(拷贝并粘贴),其中_run_1_f文件同时含有individual和population两者的数据。以Word打开casia.indivq文件,将_run_1_f文件后半部分的内容自“Inferred ancestry of individuals”行以下的数据拷贝并粘贴到casia.indivq文件中,全部替换原来的210行数据;以Excel打开casia.popq文件,将_run_1_f文件前半部分含有“Proportion of membership of each pre-defined population in each of the 3 clusters”的行下面的数据拷贝并粘贴到casia.popq中,并替换原来的内容(K=3是可变的!)。新产生的内容注意仍然保持原来210行数据的那种格式。



4、打开casia.languages文件,将原内容
“50 Indo-European
51 Dravidian
57 Indo-European
59 Indo-European
58 Indo-European
52 Linguistic isolate
54 Indo-European
629 Altaic
699 Altaic
56 Indo-European”
替换为现内容
“1 CEU
2 CHB
3 YRI”;
保存为原格式;
5、打开casia.names文件,将原内容
"50 Balochi
51 Brahui
57 Makrani
59 Sindhi
58 Pathan
52 Burusho
54 Hazara
629 Uygur
699 Yakut
56 Kalash"
替换为现内容
"1 CEU
2 CHB
3 YRI"
保存为原格式;
6、打开casia.perm文件,将原内容
"5 yellOw
4 Pink
1 Red
2 green
3 blue_Purple"
中的4、5颜色删去,并保存为原格式;
7、以文本格式打开drawparams文件,将drawparams文件中的
#define K 5    // (int) number of clusters
#define NUMPOPS 9    // (int) number of pre-defined populations
#define NUMINDS 210  // (int) number of individuals
中的5,9,210改为3,3,220,并保存;
8、将原distruct1.1文件夹中的casia_f文件删去,将_run_1_f文件整个拷贝并粘贴到解压缩后获得的distruct1.1文件夹中,重命名为casia_f;
9、运行distruct1.1文件夹中的distructWindows1.1应用程序,将修改导入Windows系统;
10、点击casia.postscript文件即可产生casia.pdf文件,这便是所需的结果。

阿甘1号 发表于 2012-4-17 04:31:00

wxw9559 发表于 2010-1-10 22:38 static/image/common/back.gif
我只知道它的用法是这样的,但我做了几次就是做不出图片,软件也未提示出错,就只生成一个空白图片。希望一 ...

老版本是不是才要用到distruct,新版本比如structure2.3以上的都能自己生成柱状图。

又见蝴蝶 发表于 2013-5-6 20:48:39

2.3版本的也没有找到可以生成柱形图的指令啊 distruct软件哪里可以下载啊 毕业急用,,不胜感激
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